La disparition de la forêt et la pression des autres populations les amènent à s'intégrer aux agriculteurs qui les méprisent et les réduisent à un état de semi servage. Leur nombre diminue en raison des maladies (tuberculose), de la sédentarisation et du mariage des femmes pygmées avec des Bantous.

Ils en ont été poussés par les migrations bantoues qui, à leur tour, ont peuplé le Gabon du XI^e au XIX^e siècle. Les dernières populations arrivées, les Fang, constituent de nos jours un tiers de la population du pays.

Les portugais furent les premiers Européens à y accoster XV^e siècle sur les bords du Komo. L'estuaire de ce fleuve en forme de caban, un manteau de marin, en portugais gabâo, donna son nom au Gabon. À leur suite, plusieurs autres nations européennes établirent des comptoirs sur les côtes. Des activités commerciales s'y développèrent et aussi bientôt, comme sur les autres côtes occidentales africaines, la traite des noirs.

À cause des migrations internes en cours, le Gabon était à cette époque sur la voie d'un équilibrage démographique qui fut perturbé par les Européens. Ces derniers, pour alimenter la traite des noirs, capturèrent et achetèrent des esclaves à des chefs côtiers, ces derniers asseyant ainsi leur prédominance sur d'autres ethnies de l'intérieur du pays. Ce commerce perdura au Gabon, même après son interdiction, jusqu'au XIX^e siècle.

La colonisation française

La fixation des frontières du Gabon s'est faite progressivement, d'une part à cause de différents avec le Cameroun allemand, puis d'autre part du fait que, dans le cadre de l'Afrique Équatoriale Française, le Gabon a d'abord été rattaché au Congo français dont Libreville a été la capitale avant de céder la place à Brazzaville en 1910.

La population du Gabon travaille pour la puissance coloniale afin d'exploiter principalement ses ressources forestières. Lors de la construction de la ligne de chemin de fer Congo Océan, les conditions de travail sont si dures qu'elles provoquent les premières grandes révoltes. Vient ensuite l'exploitation minière qui fut la cause du va-et-vient de la province du Haut-Ogooué entre le Congo et le Gabon en 1925 et 1946.

Le Gabon devint indépendant le 17 août 1960 et en 1961 Léon Mba fut élu président de la République indépendante. En 1964 il fut déposé par un coup d'état puis rapidement rétabli par l'armée française. En 1967, il mourut d'un cancer en France et fut remplacé par Albert Bernard Bongo. Le 12 mars 1968, ce dernier instaura le monopartisme avec la création du Parti Démocratique Gabonais. À partir de ce moment et pour une vingtaine d'années, les activités de l'opposition furent cantonnées à l'étranger. L'économie se développa autour de l'exploitation forestière (okoumé), minière (manganèse, uranium) et surtout pétrolière (Elf). En 1973, Bongo se convertit à l'islam et prend pour prénom Omar et en 1974 le Gabon adhère à l'Opep. L'exemple de développement d' infrastructures le plus marquant fut le Transgabonais. L'État fortement centralisé assurait, comme aujourd'hui, l'essentiel de l'emploi national grâce à la rente pétrolière.

A la fin des années 1980, la chute du cours du pétrole plongea le Gabon dans une grave crise économique dont il n'est toujours pas sorti. Les revendications sociales et politiques se multiplièrent. Une conférence nationale pour refonder le pays fut ouverte en 1990.

La conférence nationale de 1990 rétablit le pluripartisme mais depuis toutes les élections furent gagnées par le PDG et contestées par l'opposition. Le changement le plus notable depuis cette démocratisation fut la multiplication des partis qui n'accèdent que peu au pouvoir et la floraison de journaux d'opposition difficilement viables. Le quotidien des gabonais n'a pas lui beaucoup évolué, la situation économique se dégradant même vu que le secteur public se réduit sous la pression des bailleurs de fond (FMI, Banque Mondiale) alors que le secteur privé peine à se développer.