Les premiers missionnaires arrivés en 1880 pour fonder la mission de Lambaréné, y retrouvent d’anciens élèves de la mission Sainte Marie qui favoriseront leur insertion dans le pays. C’est sur un terrain acheté par le Père Delorme la 19 décembre 1880, situé à l’extrémité de l’Île Ozengué que l’on a choisi de construire la mission Saint François Xavier, poste le plus avancé sur l’Ogooué.

Ce vaste terrain surplombe le fleuve de 25 mètres. De là, on a une très belle vue sur le fleuve et son affluent, la Ngounié. Il servira de base pour étendre l’évangélisation sur le cours de l’Ogooué, vers l’intérieur du pays. C’est ainsi que Lambaréné essaimera de trois missions : Fernan Vaz en 1887, Ndjolé en 1897 et Sindara en 1899.

La première case de 12 mètres par 6 mètres fut construite par le Père Delorme avec l’aide des Galwa en 1881. Mais c’est le Père Lejeune le véritable maître d’œuvre de la station.

Construit petit à petit, les différents bâtiments d’habitation et d’école seront terminés en 1894, l’église en 1898 et la maison des sœurs située environ 200 mètres en 1900.

L’église est construite en briques roses fabriquées avec l’argile locale acheminée depuis Nzile par pirogues.

Le parvis de l’église domine l’Ogooué. On y accède par un escalier, d’une dizaine de marches, bordé par des cocotiers qui conduit à une place de 10 mètres sur 12 mètres.

De style roman, la construction est imposante. Six piliers de briques ornent la façade, au milieu de laquelle s’ouvre le vaste porche d’entrée surmonté de niches sur lesquelles prennent appui des piliers terminés en pointe. Les deux piliers centraux encadrent une niche dans laquelle trône la statue de Saint François Xavier.

Après 1930, le clocher a été rapporté au-dessus de la toiture en tuiles.

A l’intérieur, la voûte soutenue par 14 poutres carrées est constituée d’un ensemble de planches présentant une très bonne finition.

D’une longueur de 42 mètres et d’une largeur de 10 mètres, son clocher s’élève à 18 mètres. Elle fut consacrée le 29 janvier 1898.

En 1907, lorsque la station fêta son vingt-cinquième anniversaire, elle avait inscrit sur ses registres, plus de 3 000 baptêmes, 750 communions et 120 mariages.

Les ressources provenant de 300 pieds de cacaoyers et d’un millier de caféiers permettaient à la mission de subsister.

Il faut citer qu’en 1940, les troupes gaullistes ont épargné la mission et à l’hôpital Schweitzer lors des bombardements pour le contrôle du territoire, mais la fatalité a voulu qu’un éclat d’obus arrache la vie à un Père de la station qui servait bénévolement d’aumônier aux troupes de Vichy.